В 6 в. до н.э. значительная часть Средней Азии была захвачена персидской державой Ахеменидов. Однако уже в 4 в. до н.э. империя Ахеменидов пала под ударами войск Александра Македонского; Александр захватил Согдиану и Бактрию и покорил множество других народов. К концу его короткого царствования Греко-Бактрийское царство распространяло свою власть на территории современных Таджикистана, Афганистана, Пакистана и северо-западной Индии.

После периода внутренних волнений и вторжений кочевников с севера в 1 в. н.э. образовалось новое могущественное государство – Кушанская империя, объединившая юго-восток Средней Азии, Афганистан и северные районы Индии. Это государство вело оживленную торговлю с Китаем и Римом. Среднеазиатские и афганские народы, входившие в состав Кушанского царства, придерживались религии зороастризма; был распространен также буддизм, проникавший сюда вдоль торговых путей (таким образом он проник и в Китай). В Согдиане зороастризм долгое время оставался господствующей религией, пока не был вытеснен исламом.

В 3 в. начался распад Кушанской империи, и ее владения в Средней Азии – главным образом Согдиана и Бактрия – на короткое время перешли под власть новой персидской державы – империи Сасанидов. В этих областях распространились персидский язык и культура.

В конце владычества Сасанидов в южных районах Средней Азии росло влияние тюркских племен по мере их продвижения на запад и на юг. В 6 в. н.э. эти племена достигли границ владений Сасанидов. В конце концов население равнинных частей бассейнов Амударьи и Сырдарьи стало скорее тюркским, чем иранским.

Завоевание Средней Азии арабами принесло с собой коренные изменения. К середине 7 в. арабы уже одержали верх над Сасанидами в Иране, а к концу века они захватили ряд ключевых районов в Средней Азии, включая согдийские города Бухару и Самарканд. Арабские походы против согдийцев и их тюркских союзников – временами и против китайцев – продолжались и в 8 в. и закончились победой арабов. В Арабском халифате большую роль играла мусульманская религия. В завоеванных среднеазиатских городах и оазисах произошло массовое обращение жителей в ислам. В более удаленных районах Таджикистана этот процесс занял несколько столетий.

По мере того как ослабевало центральное правительство в Арабском халифате, фактическая власть на местах переходила в руки региональных династий. Наибольший след в таджикской истории оставила династия Саманидов (875–999), объединившая под своей властью земли от Сырдарьи до юго-западного Ирана; ее столица находилась в Бухаре. Покровительство Саманидов способствовало возрождению персидского языка как литературного. Именно в это время персидский язык стал превалировать в Средней Азии над восточно-иранскими. Большая часть Таджикистана находилась под властью или непосредственно Саманидов, или их вассалов; некоторые южные районы были тесно связаны с северным Афганистаном.

В конце 10 в. владения Саманидов были поделены между двумя тюркскими династиями. Территория, которая позднее стала Таджикистаном, находилась под властью различных тюркских правителей до тех пор, пока не была включена в состав монгольской империи в 13 в. В конце 14 в. Тимур (Тамерлан) попытался создать новую империю, сравнимую по размерам и могуществу с монгольской, но с центром в его среднеазиатских владениях.

Завоевание большей части Средней Азии тюркской народностью узбеков привело к созданию отдельных ханств, которые просуществовали вплоть до 19 в. (когда эта область была присоединена к России), а некоторые и дольше. Враждебные отношения между узбекскими ханами и персидскими шахами, соперничавшими из-за власти и территории, препятствовали установлению более широких контактов узбекских ханств с внешним миром и способствовали укоренению здесь жесткого исламского консерватизма; растущая изоляция региона была также связана со смещением маршрутов торговых путей на север и юг. Бóльшая часть южного Таджикистана находилась под властью Бухарского хана (позднее – эмира). Правители Бухары и кокандские ханы оспаривали друг у друга контроль над северным Таджикистаном.

В 19 в., когда Средняя Азия была присоединена к России, политические границы изменились. Бухарское ханство в 1818, согласно двустороннему договору, стало зависимым от России государством, а Кокандское ханство в 1876 было упразднено, и его земли вошли в состав Туркестанского генерал-губернаторства.

Присоединение Средней Азии к Российской империи оказало влияние на взгляды немногочисленной интеллигенции Таджикистана, которая находилась под впечатлением новшеств в России и прониклась реформистскими идеями, распространенными среди татарской и турецкой интеллигенции. Одним из основных сторонников реформ был Ахмад-Махдум Дониш (1827–1897), который трижды посетил Россию как посланник бухарского эмира. В своих произведениях, написанных на персидском языке, и в беседах в кругу своих учеников он критиковал тиранию правящей династии Бухары как недальновидную и ратовал за преобразования по примеру России. Часть образованной таджикской и узбекской молодежи примкнула к реформистскому движению джадидизма.

Во время Первой мировой войны положение в Средней Азии ухудшилось. Увеличился вывоз сырья, в частности хлопка, сократился ввоз хлеба и промышленных изделий из России. В 1916 был неурожай, Туркестану грозил голод. Кроме того, 2 июля царское правительство приступило к мобилизации мусульман в российскую армию на тыловые работы. В ответ на это в Худжанде вспыхнуло стихийное восстание, которое затем перекинулось в другие города и районы. К концу года восстание было подавлено ценой многих тысяч жизней и больших разрушений.

После падения царского самодержавия в марте 1917 некоторое время в Средней Азии практически не существовало реальной власти, и судьба региона в конечном счете решалась Красной Армией. Вооруженная борьба продолжалась до 1925. Некоторые таджики поддерживали большевиков, другие – антибольшевистское движение басмачей; в последнем преобладали узбеки, оплотом которых являлись земли восточной Бухары. Часть таджиков оказалась непроизвольно втянутой в вооруженную борьбу противостоящих сторон. Тысячи крестьян и скотоводов-кочевников бежали из восточной Бухары в Афганистан, спасаясь от кровопролитий и голода.

В середине 1920-х годов правительство приступило к делению Средней Азии на несколько республик по этническому признаку. В 1924 советское правительство объявило о создании автономной республики Таджикистан в составе Узбекской Советской Социалистической республики (УзССР). В 1929 автономия была преобразована в Таджикскую ССР и вошла в состав СССР.

Первые десятилетия советской власти в Таджикистане принесли заметные социальные и экономические перемены. В середине 1920-х годов была начата кампания по ликвидации неграмотности, в конце того же десятилетия проводились антирелигиозная кампания и насильственная коллективизация крестьян, сопровождавшаяся многочисленными жертвами. В ходе коллективизации колхозы ориентировались на выращивание хлопчатника и строительство ирригационных систем.

Подавление волнений, вызванных коллективизацией, а также изначальное недоверие советской власти к этническим меньшинствам и сталинский курс на усиление репрессий в 1930-е годы проявились в волнах политических чисток, затронувших все слои общества, от высокопоставленных чиновников до рядовых граждан; особенно жестокие репрессии пришлись на 1933–1934 и 1937–1938.

В 1930-е годы и во время Второй мировой войны в стране проводилась плановая индустриализация, которая сопровождалась перестройкой национальной экономики и притоком квалифицированной рабочей силы из России и других республик СССР.

В послевоенный период продолжалась «советизация» Таджикистана. Несмотря на усилия советского режима подорвать позиции ислама в Таджикистане, для большинства таджиков он оставался существенным фактором при определении системы ценностей и влиял на их поведение и культуру. Представители таджикской интеллигенции проводили компромиссную политику лояльности к идеям советской власти и в то же время стремились сохранить и культивировать национальное самосознание и традиции. По мере того, как увеличивалось число образованных людей, они все более критически относились к советской системе.

Начало современного этапа в истории Таджикистана связано с процессом распада СССР, нарушением баланса сил, сложившегося в республике в советское время. Первыми признаками кризиса власти стали прошедшие в Душанбе в феврале 1990 выступления светских национал-демократов из движения «Растохез» (Возрождение). Несмотря на заверения организаторов выступлений, они послужили сигналом к началу исхода из столицы и страны русского и русскоязычного населения.

24 августа 1991, после провала путча в Москве, Верховный совет республики принимает декларацию о государственном суверенитете. В ноябре происходят выборы президента на альтернативной основе. Демократические силы («Растохез», отколовшаяся от него Демократическая партия и Исламская партия возрождения, находившаяся до октября под запретом) выдвинули кандидатом известного кинорежиссера Д.Худоназарова. Он однако проиграл выборы занимавшему пост президента бывшему руководителю Компартии Р.Набиеву.

Обретение страной независимости в конце 1991 обострило вопрос о власти. Шаткое равновесие сил было нарушено весной 1992. Противостояние правительства и набравшей к тому времени силы оппозиции вылилось в противостояние между ними на площадях и улицах Душанбе. В мае было сформировано правительство национального примирения, в котором оппозиция получила треть мест. Несмотря на это между силами правительства и оппозиции начались вооруженные столкновения, резко ухудшилась экономическая ситуация и увеличилась миграция.

В начале сентября президент Набиев был вынужден подать в отставку. Осенью в разных частях страны происходили стычки и столкновения нередко с применением тяжелого оружия. В Душанбе наступил уголовный беспредел. Потери с обеих сторон к октябрю составили 15-20 тыс. убитыми и несколько десятков тысяч ранеными.

Видное место в противостоянии заняли клановый и этнорегиональный факторы. Правительственную сторону возглавили представители номенклатурно-хозяйственных кланов из южной Кулябской и северной Ленинабадской областей. В последней сильны были настроения в пользу отделения от юга, однако кулябцам удалось к концу 1992 справиться с сепаратистскими угрозами. Базу поддержки правительственных сил, сформировавших и вооруживших отряды Народного фронта, составили оставшиеся без работы и средств к существованию молодые люди, в значительной части узбеки. Заметную роль среди оппозиции играли памирцы, особенно жители Душанбе, а также выходцы из Каратегина (Гармского района) и Дарваза (Тавильдаринской долины). Силы оппозиции в условиях вооруженной борьбы возглавили исламисты, и борьба приобрела оттенок политико-идеологического противостояния с косвенным включением в нее соседних государств.

В декабре 1992 отряды НФ вошли в Душанбе и учинили расправу над памирцами и каратегинцами. Критическая ситуация в городе сохранялась до февраля 1993. Одновременно и вплоть до лета ожесточенные бои велись в Гарме и Тавильдаре, в Курган-тюбе и в Гиссарской долине на приграничных с Узбекистаном территориях. Особой ожесточенности они достигали в местах действия формирований,возглавленных полевыми командирами. В марте был убит наиболее одиозный среди них – С.Сафаров.

В декабре 1992 председателем Верховного совета избрали выходца из Куляба Э.Рахмонова. В наведении порядка участие принимали Коллективные миротворческие силы, созданные государствами – участниками Договора о коллективной безопасности. Наибольшие расходы по содержанию КМС несла Россия. В республике продолжали находиться 201-я мотострелковая дивизия и пограничные войска РФ. В боевых действиях нередко принимала участие авиация из Узбекистана.

Пик гражданской войны был пройден в конце 1992 – начале 1993, затем она продолжались с меньшей и угасающей степенью интенсивности. Но ее по-прежнему отличала крайняя порой жестокость на фоне вышедшей из строя системы нормального снабжения городов и сел продовольствием и другими средствами поддержания жизни. Происходили грабежи и мародерство, этнические чистки, насилия, убийства политических и общественных деятелей.

Оттесненные из центральных районов силы исламской оппозиции перешли границу с Афганистаном и создали там сеть лагерей беженцев. В 1993 собравшиеся в Тегеране оппозиционные лидеры объявили о создании ОТО (Объединенной таджикской оппозиции). В апреле 1994 в Москве прошел первый раунд переговоров между представителями РТ и ОТО (при участии ООН и заинтересованных соседних государств),где было достигнуто соглашение о временном перемирии.

Летом Верховный совет принял решение об одновременном проведении в ноябре референдума по новой конституции и выборов президента. Значительным большинством голосов избрали Э.Рахмонова (его соперником выступал лидер ленинабадских кругов, бывший премьер-министр А. Абдуллоджанов).

В 1994–1997 состоялись еще семь раундов переговоров между правительством и оппозицией. 27 июня 1997 в Москве президент Рахмонов и лидер ОТО С.А.Нури подписали Общее соглашение об установлении мира и национального согласия, официально положившее конец 5-летней гражданской войне. Соглашение предусматривало всеобщую амнистию, обмен пленными, создание условий для возвращения беженцев, демобилизацию воинских формирований оппозиции с предоставлением им возможности влиться в ряды вооруженных сил республики. Предусматривалось, что представителям оппозиции выделяется 30% должностей в центральном аппарате и они включаются в местные органы власти. Для наблюдения над ходом выполнения Общего соглашения создавалась Комиссия по национальному примирению (КНП) на паритетных началах.

Заключение мира имело исключительно важное внутриполитическое и международное значение. Правда,его реализация затягивалась, а намеченные на 1998 парламентские выборы были перенесены на 1999, а затем на 2000. Представители ОТО в знак протеста на время не раз выходили из состава КНП. Лишь к лету 1999 были выполнены основные положения военного протокола к соглашению. Однако оппозиция не получила обещанного количества мест в правительстве и возможностей для агитации в ходе кампании по выборам президента в ноябре 1999 (в последний момент она отказалась от участия в них; за ее представителя Д.Усмона отдали голоса 2%). Состояние гражданской войны в целом было преодолено к началу 2000. На парламентских выборах в марте ведущая сила бывшей ОТО – Исламская партия возрождения – получила лишь 3 мандата.

Стабилизация политического положения в 2000–2005 сопровождалась определенным хозяйственным возрождением, однако оно не привело к достижению прежнего уровня развития экономики. Не произошло и заметного улучшения материального положения масс – за чертой бедности по национальным критериям остаются 86% жителей.

Неблагополучным остается положение с правами человека. Судебная система не обладает независимостью, нередки случаи преследования политических противников режима. Значительна активность запрещенной радикально-исламской «Хизб-ут-Тахрир» (см. Государственный строй и политика). Особую популярность она имеет в преимущественно узбекских районах.

Вместе с тем, перспективы для дальнейшего укрепления общественной консолидации и экономического развития, безусловно, имеются. Выборы в парламент, при всем их несовершенстве, показали, что у населения сохраняется память о бедствиях войны, кризиса и разрухи, и оно в целом выступает за сохранение стабильности и порядка. Несколько сгладились регионально-этнические противоречия, на первый план выходят вопросы демократии и социально-экономической стратегии.

Реформы, начатые М.С.Горбачевым, ослабили жесткий контроль над обществом и создали предпосылки для возникновения открытой оппозиции режиму. Вскоре Горбачев освободил от должности первого секретаря КПТ Рахмона Набиева, назначенного на этот пост Л.И.Брежневым.

В республике ширились оппозиционные выступления, свидетельствовавшие о росте национального самосознания таджиков. Они критиковали систему централизованного планирования хозяйства как наносящую вред экономике и окружающей среде, а руководство Таджикистана – за его медлительность в проведении реформ. Выдвигалось требование разрешить открыто исповедовать ислам и отменить ограничения, наложенные советским режимом.

Среди населения росло недовольство. В 1989 произошел ряд конфликтов на этнической почве, спровоцированных экономическими трудностями и направленных главным образом против мусульман-нетаджиков. Эти вспышки были локализованы и не сопровождались существенными человеческими жертвами. В середине февраля 1990, после того как правительственные войска разогнали демонстрацию с применением оружия, в Душанбе произошли беспорядки. Демонстранты протестовали против привилегий, которые якобы предоставлялись армянским беженцам из Азербайджана (слухи оказались весьма преувеличенными), а также выражали недовольство политическим руководством за то, что оно медлит с реформами. При разгоне демонстрации с обеих сторон погибли 25 человек, 685 были ранены.

В качестве ответной меры правительство объявило чрезвычайное положение, которое сохранялось до июля 1991. При этом преследовались две цели – достижение порядка и общественного спокойствия и ограничение деятельности политической оппозиции.

Борьба за власть между консервативными коммунистическими лидерами и сторонниками реформ обострилась после путча в Москве в августе 1991. Поддержавший путчистов президент Махкамов 31 августа был вынужден оставить свой пост под давлением массовых выступлений населения и внутрипартийной борьбы.

После отставки Махкамова исполняющим обязанности президента стал К.Аслонов, председатель Верховного совета республики; он издал декрет, запрещающий деятельность КПТ. Однако 23 сентября Верховный совет, в котором большинство составляли коммунисты, отменил запрет, ввел чрезвычайное положение и вынудил Аслонова уйти в отставку. Депутаты-коммунисты выдвинули на пост президента Рахмона Набиева. Эти действия вызвали такую волну протестов, что через неделю Верховный совет вынужден был отменить чрезвычайное положение и вынести решение о «приостановке» (опять-таки временной) деятельности КПТ. Выборы на многопартийной основе состоялись 24 ноября 1991. В них участвовало семь кандидатов, и победу на них одержал Набиев, набравший 57% голосов.

Репрессивные меры, к которым с самого начала прибегло правительство Набиева, в начале 1992 спровоцировали массовые демонстрации, перешедшие в мае в воореженные столкновения. Набиев был вынужден вступить в переговоры с оппозицией и согласиться на формирование коалиционного правительства и выборы нового законодательного органа, в котором коммунисты не имели бы явного перевеса. Вскоре после создания коалиционного правительства консерваторы-коммунисты начали вооруженные действия против сил оппозиции на юге страны. Летом 1992 в стране разгорелась гражданская война. В начале сентября 1992 отряд вооруженной молодежи захватил Набиева в душанбинском аэропорту и вынудил его заявить о своей отставке. Исполняющим обязанности президента стал Акбаршо Искандаров, председатель Верховного совета республики; в ноябре он ушел со своего поста в надежде, что это успокоит консерваторов. Верховный совет, в котором по-прежнему преобладали противники реформ, упразднил пост президента. Лишившись руководства Набиева, антиреформисты продолжали вооруженную борьбу и 10 декабря 1992 захватили Душанбе. Победители избрали председателем Верховного совета Эмомали Рахмонова. В 1994 была подготовлена новая конституция, восстанавливавшая пост президента. В ноябре 1994 в результате проходивших одновременно (с множеством нарушений) референдума и президентских выборов эта конституция была одобрена и Рахмонов был избран президентом Таджикистана. В феврале-марте 1995 прошли выборы в новый законодательный орган, Маджлиси Оли.

Гражданская война и последовавшие за ней гонения на противников режима вынудили около полумиллиона жителей бросить свои дома; они бежали в другие районы Таджикистана и в страны СНГ, а ок. 50 тыс. человек – в Афганистан. Тысячи жителей погибли во время вооруженных конфликтов. Среди них были и участники военных действий как с одной, так и с другой из противоборствующих сторон, но большинство составили мирные жители.